Liigahallitus teki 9.10.2015 muutoksen edellisvuosien pelimalliin ja vuonna 2016 Liigacup pelataan kahdessa alueellisessa kuuden joukkueen lohkossa aikavälillä 17.1 – 21.2.2016.
Lohkojen sisällä joukkueet pelaavat kaikkia vastaan yksinkertaisen sarjan. Ne kolme joukkuetta pelaavat lohkossa kolme kotiottelua, jotka ovat Veikkausliigassa 2015 sijoittuneet korkeammalle suhteessa lohkon muihin joukkueisiin. Lohkossa A nämä joukkueet ovat RoPS, Ilves ja SJK. Lohkossa B nämä joukkueet ovat FC Inter, HJK ja FC Lahti.
Alkulohkojen 5. ja 6. aloittavat Suomen Cupin viimeisen 40 joukkueen mukana (aikaikkuna 22.2. – 15.3.)
Alkulohkojen 3. ja 4 aloittavat Suomen Cupin viimeisten 24 joukkueen mukana (aikaikkuna 16.3. – 6.4.)
Alkulohkojen 1. ja 2. aloittavat Suomen Cupin viimeisten 16 joukkueen mukana (aikaikkuna 19.4. – 22.4.)
